Dzieje parafii są ściśle złączone z dziejami klasztoru benedyktynów w Lubiniu, który został ufundowany w II poł. XI wieku.

Dla potrzeb parafii w XIII wieku zostaje zbudowany romański kościół św. Leonarda. Kościół klasztorny Matki Bożej i parafialny św. Leonarda w ciągu wieków były przebudowywane – wyraźne elementy romańskie, gotyckie i barokowe.

Po kasacie benedyktynów w połowie XIX wieku kościół parafialny oddali zaborcy protestantom, a kościół klasztorny p.w. Narodzenia NMP stał się świątynią parafialną i od tamtego czasu także parafia przejęła ten tytuł.

Od zakończenia II wojny dawny kościół parafialny św. Leonarda pełni funkcje kościoła pomocniczego.

Duszpasterzami od początku byli benedyktyni; z przerwą na czas kasaty (1834 – 1923) oraz w trudnych latach powojennych (1958 – 1978).

Z dużej parafii lubińskiej w 1978 roku wydzielono parafię Matki Bożej Pocieszenia w Bielewie i prafię św. Kazimierza w Jerce.

Obecnie do parafii lubińskiej należy osiem wiosek:

Lubiń, Bieżyń, Cichowo, Łagowo, Mościszki, Nowy Dwór, Zbęchy Pole i Żelazno.